Mimoriadne miesto v škole duchovnosti sestry Faustíny má Mária, Matka milosrdenstva. Sestra Faustína si úctu k Panne Márii priniesla z rodného domu, ale v rehoľnom živote sa prehĺbila. Priala tomu nielen duchovnosť kongregácie, ktorej hlavnou patrónkou je Matka Božieho milosrdenstva, ale aj veľmi osobný kontakt s Máriou. Pri mnohých zjaveniach, videniach a stretnutiach Mária ukazovala sestre Faustíne tajomstvo Božieho milosrdenstva vo svojom živote, poučovala, posilňovala a sprevádzala v prorockom poslaní milosrdenstva. Som vašou Matkou z nepochopiteľného Božieho milosrdenstva (Denníček 449). Som nielen Kráľovnou neba, ale aj Matkou milosrdenstva a tvojou matkou (Denníček 330).
Mária bola pre sestru Faustínu v prvom rade Matkou Syna Božieho – Vteleného milosrdenstva a vďaka Božiemu milosrdenstvu aj matkou každého človeka. Ako starostlivá a najlepšia matka a majsterka duchovného života ju učila kontemplovať Boha vo svojej duši, poslúchať Božiu vôľu, umenie milovať kríž a usilovať sa o tie čnosti, ktoré podmieňujú postoj dôvery v Boha a milosrdenstva voči blížnym. Uzrela som Pannu Máriu – napísala sestra Faustína – ktorá mi povedala: Ó, aká milá je Bohu duša, ktorá je poslušná vanutiu jeho milosrdenstva. Ja som dala svetu Spasiteľa a ty máš hovoriť svetu o jeho veľkom milosrdenstve a pripraviť svet na jeho druhý príchod, keď príde nie ako milosrdný Spasiteľ, ale ako spravodlivý Sudca. Ó, ten deň je strašný. Deň spravodlivosti, deň Božieho hnevu je určený. Trasú sa pred ním anjeli. Hovor dušiam o tomto veľkom milosrdenstve, kým je čas zľutovania. Ak ty budeš teraz mlčať, v ten strašný deň sa budeš zodpovedať za veľké množstvo duší. Ničoho sa neboj, buď verná až do konca, ja spolucítim s tebou (Denníček 635).
Keď kongregácia zvolila Máriu za nebeskú generálnu predstavenú (15. augusta 1937), sestra Faustína videla vo videní všetky sestry zakryté jej plášťom a počula slová veľkého zasľúbenia: Každá, ktorá v mojej kongregácii vytrvá v horlivosti až do smrti, bude uchránená od očistcového ohňa. Túžim, aby sa každá vyznačovala týmito čnosťami: pokorou a tichosťou, čistotou, láskou k Bohu a blížnym, zľutovaním a milosrdenstvom.“ Po týchto slovách mi zmizla celá kongregácia. Zostala som sama s Pannou Máriou, ktorá ma poučila o Božej vôli, ako ju v živote prijímať, úplne sa podrobujúc jeho najsvätejším rozhodnutiam. Nemôžeme sa páčiť Bohu, ak neplníme jeho svätú vôľu. „Dcéra moja, vrelo ti odporúčam, aby si verne plnila všetky Božie priania, lebo to je najmilšie jeho svätým očiam. Veľmi túžim, aby si sa tým vyznačovala, to znamená vernosťou v plnení Božej vôle. Božej vôli daj prednosť pred všetkými obetami aj zápalnými.“ (Denníček 1244)