Srdcom Sanktuária Božieho milosrdenstva v Krakove-Lagievnikoch je kláštorná kaplnka s milostivým obrazom Milosrdného Ježiša a hrobom sv. Faustíny. Tento malý chrám postavený v kláštornom komplexe Kongregácie sestier Matky Božieho Milosrdenstva a posvätený v roku 1891 (patrónom je sv. Jozef), kedysi slúžil len sestrám a ich chovaniciam. Bol svedkom modlitby a mimoriadnych milostí (vrátane zjavení Pána Ježiša a Najsvätejšej Matky), aké tu dostala Apoštolka Božieho milosrdenstva. S jej smrťou bolo na tomto mieste uložené posolstvo o Božom milosrdenstve, ktoré odovzdala Cirkvi a svetu z Kristovej vôle. Preto sa sanktuárium v Lagievnikoch stalo hlavným mestom úcty k Božiemu milosrdenstvu, z ktorého sa toto posolstvo šíri do celého sveta a do ktorého putujú ľudia zo všetkých kontinentov, vyprosujú si veľa milostí, o čom svedčia početné votívne obety umiestnené okolo kaplnky.
Na bočnom oltári na ľavej strane kaplnky je zázračný obraz Milosrdného Ježiša maliara Adolfa Hyly posvätený o. Józefom Andraszom SJ (krakovským duchovným vodcom sestry Faustíny) 16. apríla 1944, na prvú nedeľu po Veľkej noci. Kópie a reprodukcie tohto obrazu sa rozšírili do celého sveta a na ňom sa naplnili Ježišove slová sestre Faustíne pri jeho prvom zjavení: Túžim, aby tento obraz bol uctievaný najprv vo vašej kaplnke a potom aj na celom svete (Denníček 47).
Pod menzou oltára spočíva biela mramorová rakva s pozostatkami sv. Faustíny. Ich časť bola umiestnená do mramorového kľačadla pred oltárom, aby pútnici mohli veľmi prístupným spôsobom uctievať jej relikvie a prosiť o jej mocný príhovor a o Božie milosrdenstvo.
Na hlavnom oltári je socha Matky Božieho milosrdenstva – patrónky kongregácie a v bočných výklenkoch tohto oltára sú sochy sv. Stanislava Kostku – patróna mládeže a sv. Márie Magdalény – patrónky kajúcnic. Na bočnom oltári na pravej strane je obraz sv. Jozefa s Dieťatkom. Od začiatku bol patrónom tejto kaplnky a celého areálu, ktorý sa kedysi na jeho počesť nazýval „Jozefov“. Na bočných stenách sú obrazy sv. Jána Pavla II., sv. Ignáca – patróna kongregácie a bl. Michala Sopočku – duchovného vodcu sv. sestry Faustíny.
V roku 1968 kardinál Karol Wojtyła zapísal kaplnku sv. Jozefa na zoznam sanktuárií krakovskej arcidiecézy v súvislosti s hrobom Božej služobnice sestry Faustíny, ktorý v hojnom množstve navštevovali pútnici. Dňa 1. novembra 1992 krakovský metropolita kardinál Franciszek Macharski vydal oficiálny dekrét, ktorým bola táto kaplnka povýšená na hodnosť sanktuária Božieho milosrdenstva.
