Hoci rys lásky k Cirkvi sa vyskytuje v mnohých školách duchovnosti, každá z nich má svoje vlastné špecifické zafarbenie. U sv. sestry Faustíny je Cirkev vnímaná ako dar Božieho milosrdenstva, mimoriadne bohatý dar, pretože je to priestor spoločenstva Stvoriteľa a Vykupiteľa s človekom. V jej spisoch najčastejšie vystupuje obraz Cirkvi ako matky, ktorá je svojou povahou charakterizovaná milosrdnou láskou k deťom, a ako obraz mystického Kristovho tela, v ktorom každý úd žije v jednote s hlavou a ostatnými údmi.
Sestra Faustína mala nielen prostredníctvom ducha viery, ale aj prostredníctvom mnohých videní a mystických skúseností príležitosť zistiť, že Cirkev je spoločenstvom života človeka s Bohom, priestorom jeho živej prítomnosti. Keď som sa ponorila do modlitby, bola som v duchu prenesená do kaplnky a uvidela som Pána Ježiša vystaveného v monštrancii. Tam, kde sa nachádzala monštrancia, som videla ctihodnú tvár Pána. Pán mi povedal: „To, čo ty vidíš v skutočnosti, tie duše vidia vierou“ (Denníček 1420).
Prejavom Božieho milosrdenstva pre sestru Faustínu nebolo len samotné založenie svätej Cirkvi, živá prítomnosť Boha v nej, ale aj jeho konanie voči človeku, najmä prostredníctvom slova, ktoré osvecuje a prostredníctvom sviatostí, v ktorých udeľuje rôzne milosti potrebné pre nadprirodzený život. V litániových invokáciách a iných textoch Denníčka o tom píše sestra Faustína priamo a vymenúva zoznam rôznych prejavov veľkého Božieho milosrdenstva, akými sú svätý krst, ospravodlivenie skrze Ježiša Krista, nesmrteľný život, možnosť obrátenia a sviatosti, v ktorých Ježiš dáva svoju milosť na každý okamih života… (Denníček 949, 1286 a ďalšie).
Prejavom milosrdenstva v Cirkvi je podľa sestry Faustíny aj udeľovanie Božej svätosti stvoreniam. Len Boh je svätý a jeho svätosť je taká veľká, že sa všetci nebeskí duchovia chvejú pred ním, neustále adorujú, vzdávajú mu česť slovami: Svätý, Svätý, Svätý… (porov. Denníček 180). Táto Božia svätosť je vyliata na Božiu cirkev a na každú v nej žijúcu dušu – nie však v rovnakej miere. Sú duše celkom preniknuté Bohom a sú aj duše ledva žijúce (Denníček 180). Samu možnosť zmeny svojho života, jeho zdokonaľovania pomocou nadprirodzených prostriedkov, pozvanie do spoločenstva života s Bohom, možnosť získania plnšej účasti na živote Ježiša a jeho poslaní vnímala sestra Faustína ako veľké dary Božieho milosrdenstva, ktoré si človek vôbec nezaslúžil a získal ich len z milosrdnej lásky svojho Stvoriteľa a Vykupiteľa. Keď videla takú veľkú lásku Boha v Cirkvi, mohla úprimne vyjadriť svoju radosť: Aká je to radosť byť verným dieťaťom Cirkvi (Denníček 481). Takýto pohľad na Cirkev v nej vzbudil ducha vďačnosti voči Bohu a mobilizoval ju, aby sa usilovala o veľkú svätosť.
